Systém ETCS lze rozdělit na tzv. aplikační úrovně – L1 a L2. Správa železnic implementuje obě zmíněné úrovně v závislosti na daném typu tratě.

ETCS L2

ETCS L2 je liniové vlakové zabezpečovací zařízení, které je založené na obousměrné rádiové komunikaci traťové a mobilní části prostřednictvím rádiového systému GSM-R nebo FRMCS. Traťovou část tvoří ve druhé aplikační úrovni Radiobloková centrála (RBC) a body umístěné v kolejích (tzv. Eurobalízy). Oprávnění k jízdě z RBC je do vlaku přenášeno rádiovým systémem. RBC sleduje jednotlivé vlaky a komunikuje s nimi. Zná pozici, směr jízdy a rychlost vlaků a vyhrazuje pro jejich další jízdu volný, bezpečný prostor. Sleduje, zda strojvedoucí vlaku dodržuje rychlost jízdy a reaguje správně na situaci na trati. Umí zastavit vlak před návěstí Stůj nebo při indispozici strojvedoucího. Vzájemná komunikace mezi RBC a vlakem a kontrola nad jízdou vlaku probíhá kontinuálně. Aby celý systém správně fungoval, je potřeba na vybavených tratích provozovat vybavená vozidla v tzv. výhradním provozu. ETCS ve druhé aplikační úrovni má dvě základní varianty provozu, a to buď s hlavními návěstidly, nebo bez hlavních návěstidel (s benefity). Projev vůči strojvedoucímu při jízdě pod ETCS je však vždy shodný.

ETCS L2 s benefity

ETCS L2 s benefity spočívá kromě zavedení výhradního provozu ETCS také v provedení technických úprav infrastruktury. Tyto úpravy spočívají především v odstranění konvenčních světelných návěstidel a jejich nahrazení Stop značkami ETCS a Lokalizačními značkami ETCS, což umožní rozdělit traťové úseky do více oddílů. Právě to umožní využití plného potenciálu systému ETCS mimo jiné v podobě zvýšení rychlosti vlaků a možného zvýšení kapacity dráhy díky optimalizaci rozmístění ETCS značek oproti stávajícím oddílovým návěstidlům. ETCS L2 s benefity se implementuje i jinde v Evropě, pro strojvedoucí to tedy znamená, že v budoucnu by mělo docházet k sbližovaní jednotlivých národních předpisů na železnici, a tak i sjednocování celého železničního prostoru EU a přilehlých zemí.

ETCS L1

U ETCS L1 je provedení traťové části jednodušší. Eurobalízy jsou napojené do stávajícího zabezpečovacího zařízení a hlavní návěstidla zůstávají vždy v činnosti. První aplikační úroveň nevyžaduje rádiový systém pro komunikaci s vlaky. Z těchto důvodů se hodí zejména na méně zatížené tratě s traťovou rychlostí do 120 km/h, na které jsou aplikovány verze ETCS L1 LS a ETCS STOP s cílem zvýšení bezpečnosti provozu za nižší náklady oproti druhé aplikační úrovni.

ETCS L1 LS kontroluje na pozadí chování strojvedoucího. Na základě vypočtených brzdných křivek zajišťuje neprojetí návěsti Stůj a v omezené míře i nepřekročení dovolené rychlosti.

ETCS STOP zajišťuje nouzové brzdění vlaku při minutí zakazující návěsti a kontroluje nepřekročení nejvyšší rychlosti mezi dopravnami a v dopravnách. Tato verze je určena především pro tratě D3 a málo zatížené tratě D1 s traťovou rychlostí do 100 km/h.